Dalam sebuah organisasi dibutuhkan sebuah visi agar semua yang dilakukan terarah menuju visi yang sama, dalam melaksanakan visi maka dibutuhkan langkah-langkah nyata yang tertuang dalam misi. Untuk itu Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) STIQSI yang merupakan sebuah organisasi mandiri harus memiliki visi, misi, serta tujuan agar seluruh proses dan pelaksanaannya terdapat arah yang jelas.

Visi

Menjadi Lembaga Penjamin Mutu yang akuntabel sehingga terwujud STIQSI yang bermutu

Misi

1. Membangun dan mengembangkan sistem penjaminan mutu sehingga berstandar nasional berlandaskan nilai-nilai pesantren, 2. Membuat standar dan prosedur mutu akademik dalam Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI), 3. Menjamin pelaksanaan sistem penjaminan mutu di seluruh unit di lingkungan STIQSI, 4. Menjamin kepuasan pelanggan dan stakeholders STIQSI terpenuhi, 5. Membangun budaya mutu untuk seluruh sivitas akademika di lingkungan STIQSI, 6. Selalu berupaya melakukan perbaikan secara kontinyu dalam implementasi dan pengembangan sistem penjaminan mutu STIQSI, 7. Memberikan kontribusi positif terhadap peningkatan kualitas STIQSI agar bisa memiliki daya saing baik tingkat lokal, nasional, maupun internasional.