Logo STIQSI Lamongan berbentuk kombinasi antara huruf Qaf, ‘Ain, pena dan tulisan al-Ishlah di tengah-tengahnya. Makna dari logo tersebut adalah:

1. Haruf Qaf mempunyai makna qira’ah, al-Qur’an dan qarn, yaitu: bacaan dan pembacaan; al-Qur’an; dan masa. Huruf ‘Ain memiliki makna ‘ilmiyyah, ‘ilmy dan ‘ashir, yakni: ilmiah, saintifik dan masa kini. Penggabungan huruf Qaf dan ‘Ain bermakna; pembacaan dan pembelajaran itu bertujuan untuk menggerakkan aktifitas dan program pendidikan, penelitian ilmiah, dan pengabdian kepada masyarakat, yang diharapkan dapat menjawab persoalan-persoalan kontemporer dengan pendekatan integrasi al-Qur’an dan Sains;
2. Pena adalah simbol aktifitas ilmiah dan ilmu pengetahuan dengan dasar pendekatan integrasi al-Qur’an dan Sains;
3. Al-Ishlah bermakna perdamaian, kemaslahatan, perbaikan dan kesuksesan dunia-akhirat serta lahir batin. Sebuah cita-cita tinggi yang selalu diupayakan oleh Yayasan Pondok Pesantren Al-Ishlah.